O Instituto S. João de Deus é uma Instituição Particular de Solidariedade Social criada para proceder à gestão hospitalar dos Estabelecimentos Hospitalares da Província Portuguesa da Ordem Hospitaleira. A actuação do Instituto S. João de Deus é de âmbito nacional, prosseguindo fins de saúde, assistência, reabilitação e reinserção social nos seus 8 estabelecimentos hospitalares/centros assistenciais. Os estabelecimentos hospitalares prestam serviço de psiquiatria e saúde mental, alcoologia, toxicodependência, cirurgia e ortopedia, prestação de cuidados em geriatria e sem-abrigo.

No âmbito da colaboração com a I.Zone Knowledge Systems, o ISJD iniciou o processo de certificação da qualidade ISO 9001:2008 dos serviços centrais em Lisboa. Também os hospitais do Instituto iniciaram o processo de certificação da qualidade (HQS) tendo como enquadramento global os princípios dos referenciais EQUASS/EFQM. O projecto decorrerá a nível nacional com o envolvimento de dirigentes e colaboradores de todos os hospitais (Telhal, Lisboa, Areias de Vilar, Barcelos, Montemor-o-Novo, São Miguel, Angra do Heroísmo, Funchal) entre 2009 e 2011.